アレクサンダー・フォン・フンボルト
(Friedrich Wilhelm Heinrich Alexander von Humboldt)
とともにラテンアメリカを旅した。
彼は探検の科学的成果をまとめた本の共著者である。
フランスのラ・ロシェルでエメ・ジャック・アレクサンドル・グジョーとして生まれた。
父親は医師であった。
1790年頃に兄のミカエルと、2人で医学を学んだ。
1791年から、2人はパリの自然史植物博物館で開講された講座に出席した。
教師にはジャン＝バティスト・ラマルク、アントワーヌ・ローラン・ド・ジュシュー、ルネ・ルイシュ・デフォンテーヌなどがいた。
エメはさらにジャン＝ニコラ・コルヴィザールのもとで学んだ。
オテル・デューでピエール＝ジョゼフ・デソーが開講した授業にも出席した可能性もある。
この時期に、エメは同級生のザビエ・ビシャとも親しくなった。
フランス革命と独立戦争の混乱の中、ボンプランはフランス陸軍や海軍で外科医として勤務した。
コルヴィザールの家でアレクサンダー・フォン・フンボルトと親しくなり]、フンボルトとともにテネリフェ島とアメリカ大陸のスペイン植民地帝国への5年間の旅に同行した。
その後に独立国となったベネズエラ、キューバ、コロンビア、エクアドル、ペルー、メキシコ、オリノコ川やアマゾン川流域を旅した。
最後にアメリカ合衆国に立ち寄った。
この旅で、彼は当時ヨーロッパではほとんど知られていなかった約6,000種の植物を収集し分類した。
これらの発見に関する彼の報告は、1808年から1816年にかけて『赤道植物』（フランス語：Plantes equinoxiales ）と題された一連の巻として出版された。
パリに戻ると、ナポレオンは自然史博物館に寄贈した多くの標本に対する見返りとして、彼に年間3000フランの年金を与えた。
皇后ジョゼフィーヌは彼を大変可愛がり、マルメゾンの庭園の監督官に任命した。
そこではエメがアメリカ大陸から持ち帰った多くの種子が栽培されていた。
1813年、彼は『マルメゾンとナバラで栽培された希少植物の記述』 ( Description des plantes rares cultivées à Malmaison et à Navarre ) を出版した。
この間、彼はゲイ＝リュサック、アラゴその他の著名な科学者とも知り合いになった。
フォンテーヌブロー宮殿の退位後、エメはナポレオンにベネズエラに隠棲するよう懇願したが、無駄だった。
彼はジョゼフィーヌの臨終に立ち会った。
1816年、彼は様々なヨーロッパの植物をブエノスアイレスに持ち帰り、そこで自然史の教授に選出された。
しかし、すぐにその職を辞し、南米の内陸部を探検した。
1821年、エメはパラナ州近くのサンタアナに、マテ茶の収穫と販売を目的とした植民地を設立した。
この植民地はパラグアイとアルゼンチンの両国が領有権を主張する地域に位置していた。
さらに、パラグアイの独裁者
ホセ・ガスパール・ロドリゲス・デ・フランシア
は、「エメがマテ茶の栽培に成功すれば、その事業を独占しようとする自身の試みが妨げられることを恐れた」。
そのためパラグアイ人は1821年12月8日に植民地を破壊し、エメはスパイとして逮捕され、パラグアイのサンタマリア]に1829年まで拘留された。
捕虜の間にエメは結婚し、数人の子供をもうけた。
エメは移動の自由を与えられ、地元の貧しい人々 や軍の駐屯地の医師として活動した。
同じ時期に、スイスの博物学者
ヨハン・ルドルフ・レンガー
もパラグアイに滞在していた。
エメは厳重に警備された国境を越えることは許されなかったが、遠出のたびに特別許可を申請すれば自由に移動できた。
エメは1829年に解放され、1831年にアルゼンチンに戻り、コリエンテス州のサン・ボルハに定住した。
そこで58歳で地元の女性と結婚し、農業とマテ茶の取引で生計を立てた。
1853年にサンタアナに戻り、自分が持ち込んだオレンジの木を栽培した。
コリエンテス州政府から、同州での働きに対する感謝として1万ピアストルの土地を受け取った。
その周辺の小さな町は現在、エメに敬意を表して「ボンプランド」と呼ばれている。
また、サンタアナ（ミシオネス州）のすぐ南にあるミシオネス州の別の小さな町もボンプランドという名前である。
エメはパリへの帰還予定前の1858年5月4日または11日に、サン・ボルハ、サンタ・アナ、またはレスタウラシオンで84歳で亡くなった。
フランスのパリ国立自然史博物館に寄贈された彼の植物標本のコレクションは、アリシア・ルルテイグによって管理された。
ボンプランの伝記はアドルフ・ブルネルによって書かれた。
エメとフンボルトとの旅についてのフィクション化された記述は、ダニエル・ケールマンの『世界の測定』に掲載され、キャロル・ブラウン・ジェインウェイによって『世界を測る：小説』として翻訳されている。
月のクレーター、 ボンプランドはエメにちなんで名付けられた。
また、ベネズエラのアンデス山脈にあるピコ・ボンプランドも彼にちなんで名付けられた。
しかし、エメはベネズエラのアンデス山脈を訪れたことがない。
ニュージーランドにある標高2,300メートル（7,500フィート）を超える山頂も彼の名前を冠している。
この山は南島のワカティプ湖の源流近くにある。
フランス国立園芸協会がアマチュア庭師による遊園地の創設や修復を促進するために設立したボンプラン賞は、エメ・ボンプランにちなんで名付けられた。
